根据出席十二届全国人大二次会议代表审议和全国政协十二届二次会议委员讨论提出的意见和建议，国务院对政府工作报告进行了反复推敲和认真修改，共修改16处。其中，比较重要的修改有6处。
在“推动重要领域改革取得新突破”中“深化金融体制改革”一段，增加“发展普惠金融”，以使金融改革发展成果更多更好惠及广大人民群众。
在“促进农业现代化和农村改革发展”中“积极推进农村改革”一段，增加“培育新型职业农民”，以适应创新农业生产经营方式的需要。
在“以创新支撑和引领经济结构优化升级”中“加快科技体制改革”一段，增加“重视科普工作和科学精神建设”，以提高全社会尊重科学的意识。
在“加强教育、卫生、文化等社会建设”中“推动医改向纵深发展”一段，增加“构建和谐医患关系”，以反映群众和社会的期待。
在“努力建设生态文明的美好家园”中“出重拳强化污染防治”一段，增加“推广新能源汽车”，以加快新能源汽车产业发展，促进大气污染防治。
在“努力建设生态文明的美好家园”中“推进生态保护与建设”一段，将“探索建立跨区域、跨流域生态补偿机制”改为“推动建立跨区域、跨流域生态补偿机制”。
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